Pomiędzy podstawowymi jednostkami organizacyjnymi w WAT mogą być powoływane międzywydziałowe zespoły badawcze. Celem zespołów jest realizacja międzywydziałowych badań naukowych lub prac rozwojowych oraz innych zadań tematycznych. Powoływanie ww. zespołów reguluje zarządzenie nr 11/RKR/2013.
Miedzywydziałowe zespoły badawcze w WAT powołuje się decyzją rektora na wniosek kierownika podstawowej jednostki organizacyjnej. Wzór wniosku stanowi załącznik nr 1 do zarządzenia.
Podział środków finansowych pozyskanych w projektach realizowanych przez międzywydziałowe zespoły badawcze wymaga uzgodnienia pomiędzy kierownikami podstawowych jednostek organizacyjnych. Wzór uzgodnienia stanowi załącznik nr 2do zarządzenia.